Sulle vicende della sua vita si hanno notizie scarse e spesso contraddittorie. Nato a Mantova, presumibilmente intorno al 1540, fu frate eremitano conventuale e prolifico compositore di madrigali e musica sacra. Negli anni Sessanta fu cantore in S. Marco a Venezia (ove probabilmente fu allievo di Adrian Willaert), a S. Eufemia a Verona e a Ravenna per motivi di studio; ma la prima data documentata con certezza è quella dell’arrivo, il primo luglio del 1568, a Spilimbergo, probabilmente chiamatovi grazie ai buoni uffici degli agostiniani del locale convento di S. Pantaleone, per ricoprire il ruolo di maestro di cappella del duomo e musico dei signori giurisdicenti. Durante la permanenza spilimberghese ebbe modo di iniziare la sua carriera di compositore dando alle stampe ben quattro libri: nel 1570 videro infatti la luce Di Hippolyto Baccusi da Mantova, il primo libro de madrigali a cinque & a sei voci, con doi a sette & otto (Venezia, li figlioli di Antonio Gardano, 1570), con dedica a Guglielmo Gonzaga duca di Mantova, e Hippolyti Baccusii missarum cum quinque et sex vocibus liber primus (Venezia, Girolamo Scotto, 1570), in cui sono raccolte quattro messe, una delle quali però è del cividalese Giovanni Battista Falcidio (V.), allora organista in Spilimbergo. Bertolotti riferisce di una sua lettera indirizzata il 22 aprile 1570 da Ravenna al segretario del duca di Mantova, nella quale chiedeva di poter stare ancora un anno a studiare sotto il suo celebrato precettore, dato questo inconciliabile con la sua presenza spilimberghese. Nel 1574 fu la volta di altri due libri di madrigali: Di Hippolito Baccusi da Mantova maestro della musica delli illustrissimi signori di Spilimbergo il secondo libro de madrigali a cinque voci (Venezia, Girolamo Scotto, 1572) indirizzato al conte Brandolino Brandolini di Valmarino, distintosi nel 1570 nella difesa di Zara dagli assalti Turchi, e Di Hipolito Baccusi da Mantova maestro della musica delli illustri signori di Spilimbergo il secondo libro de madrigali a sei voci (Venezia, Girolamo Scotto, 1572), dedicato agli Accademici filarmonici di Verona. Entrambi questi volumi si aprono con una «canzone nella gran vittoria contra i Turchi», il primo con la “boschereccia” Ai più soavi accenti, ch’in quest’etad’e in quella dell’udinese Vincenzo Giusti intonata musicalmente in un ciclo di sette madrigali (gli ultimi due ad opera di G. B. Falcidio); il secondo con la canzone di Celio Magno Fuor fuor o Muse a l’aria uscite intonata con sei madrigali musicali (il quinto ad opera di G.B. Falcidio). Nell’autunno del 1574 il B. lasciò Spilimbergo e il 14 novembre di quell’anno venne eletto maestro di cappella nel convento di S. Stefano a Venezia. Negli anni Ottanta esercitò tale ruolo a Mantova, in seguito nella cattedrale di Verona (dal primo luglio 1591), nuovamente nel convento di S. Stefano a Venezia (la nomina è datata 7 settembre 1592), e ancora nella cattedrale di Verona ove, per la verità, sembrerebbe aver servito senza soluzione di continuità dal 1591 fino alla morte sopraggiunta il 2 settembre del 1609 (o 1608). Oltre alle opere citate è autore di almeno altri quindici libri (messe, salmi, mottetti, madrigali) composti dopo il soggiorno friulano; inoltre sue composizioni, a stampa e manoscritte, sono presenti anche in una cinquantina di raccolte antologiche dell’epoca. Secondo il Fétis, infine, fu autore anche di un trattato Regulae spiritualis melodiae, seu Liber spiritualium cantionum edito postumo ad Anversa nel 1617.