Apparteneva ad una famiglia di musicisti fiamminghi, con i quali condivise una carriera europea itinerante; l’opera e la biografia non si distinguono con precisione da quelle di altri membri della famiglia, in particolare di Giorgio e Giacomo. Nato probabilmente da Francesco a Maastricht, allora sotto il dominio degli Asburgo, nel 1555 si trovava alla loro corte e nel 1559 lasciò la sua città natale per entrare a far parte della Capilla flamenca di Filippo II a Madrid. Nel 1562 potrebbe essersi immatricolato all’Università di Douai. Nel 1564 «Hannsen Flori niderlennder» era al servizio di Alberto V a Monaco e l’anno successivo a Tubinga presso Christoph von Württemberg. Nel 1572 donò quattro libri di musica al capitolo di Aquileia, spesso erroneamente letto come L’Aquila; nel 1573 era a Innsbruck, contraltista e maestro di musica delle principesse d’Asburgo. Nel 1580 era maestro di cappella a Treviso, dove lasciò la messa Confitemini, un Iste confessor e Magnum haereditatis mysterium. Il 17 febbraio 1581 il capitolo di Cividale del Friuli inviò un ringraziamento a chi aveva segnalato il nome del musicista che «si ritrova in Treviggi». Il 20 marzo 1581 «Johannes Florius» venne ammesso al capitolo cividalese; il 18 aprile i canonici ricordarono «novum opus suum unius missae in cantum redactae» e il 5 maggio gli consegnarono i libri di musica in possesso dell’istituzione. Nel 1582 il F. ottenne licenza di recarsi a Venezia e il 10 dicembre venne richiamato ai suoi doveri. Nel marzo 1586 pubblicò il quarto libro di madrigali, dal quale risultava residente in Oderzo; quindi si trasferì in S. Maria Maggiore di Bergamo dove rimase fino al 1598. Durante la permanenza in quella città il capitolo di Cividale cercò di riaverlo: il 30 maggio 1588, quando il vicedecano di Cividale propose, «maxime eius sufficientia», che venisse richiamato, i canonici approvarono la proposta e stabilirono di notificargli la decisione. Il 17 settembre il consesso deliberò di scrivergli di nuovo, pregandolo di venire liberamente. Evidentemente il F. non accettò, se partecipò ad un concorso nella cattedrale di Verona nel 1589. Dal 1598 si perdono le sue tracce. Dal 1567 al 1596 pubblicò presso i principali editori veneziani madrigali, canzoni e villotte alla napolitana entro raccolte, in due delle quali compaiono anche i nomi di altri musicisti legati al Friuli come Pier Andrea Bonini, Ippolito Baccusi, Giovanni Battista Mosto. Messe, mottetti e falsobordoni manoscritti sopravvivono a Monaco di Baviera, Bologna, in Slovenia, ma non in Friuli.