Durante la tappa sacilese, l’A. dava in luce le prime sue tre opere musicali: Coelestis Parnasus in quo novem Musae tum duae, tum tres, tum quatuor simul concertantes concinunt Deo laudes, Virgini encomia sanctisque preces.Opus primum. Secundo impressum, Venezia, Magni, 1628; Celeste palco […] solo […]. Opera seconda, Venezia, Magni, 1628 (tra i mottetti dell’edizione figura un Peccavi Domine che l’autore dedicava al pubblico medico della città Rizzardo Lupini ed assicurava di aver cantato di persona nella parrocchiale sacilese); Harmonicum coelum sub quo missae harmonicis arte haud simili compactae numeris quatuor vocibus musicis exprimuntur notis. Auctore Ioanne Baptista Aloysio de Bononia, minorita conventuali sacrae theologiae baccalaureo ac magnificae Communitatis Sacelli musices praefecto. Ill.mo et rever.mo domino d. Ernesto Adelberto S. R. E. Cardinali amplissimo in perpetuum observantiae et devotionis pignus humiliter consecratae. Opus tertium, Venezia, Magni, 1628 (oltre alla stampa originale, delle messe esiste una partitura di mano del maestro G. Busi). Seguivano: Contextus musicarum proportionum, quo concertuum varietate binis, ternis, quaternis, quinis, & senis vocibus […], opus quartum, Venezia, Magni, 1637 (in partitura firmata dal maestro G. Busi); Corona stellarum duodecim antiphonis Beatae Virginis ter ductis binis, ternis, & quaternis vocibus […], opus quintum, Venezia, stampa del Gardano, Magni, 1637; Vellus aureum Sacrae Deiparae Virginis litanijs 4.5.6.7. & 8.vocibus decantandis exornatum insignitum […], Venezia, Magni, 1640. Singole composizioni sono presenti in raccolte antologiche del 1641, 1643, 1646 o in tradizione manoscritta.
F. METZ, Notizie sugli organi delle chiese minori di Sacile, «Livenza», n.s., II/2 (1975), 18-19; SARTORI, Documenti per la storia della musica, XVI, 3, 49; J. ROCHE, Aloisi Giovanni Battista, in NGii, I, 415; PRESSACCO, Musica, 1947-2042: 2006; Aloisi Giovanni Battista, in DEUMM, I, 73; METZ, Sacile, 195-239: 225-228; COLUSSI, Bibliografia, 169-198: 170-171.