Nacque a Udine intorno al 1519. Studiò medicina presso l’Università di Padova negli anni 1548-51 con l’aiuto di sussidi messi a disposizione dalla comunità di Udine; è forse identificabile con quel «Ioannes Leonardus Clarius Utinensis ex Foroiulio q. d. Francisci» che si laureò il 12 febbraio 1552. In questo stesso anno il C. iniziò a Cividale la sua carriera di medico condotto, che svolse fino al maggio 1575. Nel 1558 sposò Elena Bratteolo da cui ebbe undici figli. Nel 1575 accettò un incarico più redditizio a Lubiana, dopo di che fu chiamato in qualità di “protomedico di Stiria” a Graz presso la corte degli Asburgo. Servì gli arciduchi d’Austria fino alla morte, sopraggiunta l’11 aprile 1599. Nel corso della sua lunga vita seppe coniugare l’attività professionale con l’esercizio poetico: con i suoi versi celebrò tra l’altro alcune delle opere pubbliche più significative della sua patria e di altre terre, come nelle Rime, et versi di vari compositori de la Patria del Frioli, sopra la fontana Helice e ne L’horto dei semplici di Padova, stampato nel 1591. In seguito molte delle sue poesie furono raccolte dal figlio Giovan Battista, subentratogli nel prestigioso incarico di Graz, che le fece pubblicare nel 1608 con il titolo di Le rime teologiche, et morali del Leonardo Clario del Friuli.