Nacque a Gorizia nel 1610 dal barone Giacomo e da Dorotea di Moscon. Si laureò a Padova e dedicò la sua vita interamente alla medicina. Fu protomedico a Gorizia. Nel 1646 diede alle stampe De catarrho che dedicò a Francesco de Lanteri. Fu ascritto alla nobiltà patrizia in qualità di barone di Raccogliano, località di Romans d’Isonzo, che probabilmente gli diede i natali. Nel 1655 si trasferì come medico a Udine e quivi nello stesso anno uscì in prima edizione il De coitu, che dedicò a Pietro Antonio Coronini, barone di Prevacina e Gradiscutta. A Lubiana nel 1681 fece stampare una sua opera metafisica, il De immortalitate mentis humanae ex via peripatetica […] dedicata a Giuseppe Rabatta, vescovo di Lubiana. Morì a Gorizia il 29 agosto 1687 e fu sepolto in S. Francesco. (Diverse fonti bibliografiche citano luoghi di nascita e di morte differenti, ma errate).
G.B. GARZAROLLI, De catarrho liber unus, Udine, Schiratti, 1646; ID., Epitome vel synthesis quaestiuncularum de coitu, seu de opportunitate coitus, Udine, Schiratti, 1655; ID., De immortalitate mentis humanae ex via peripatetica Ioannis Baptistae baro. de Garzaroll Philosophi lucubrationum liber unicus. Reverendissimo ac excellentissimo Domino Iosepho, ex comitibus a Rabatta, sac. rom. imp. principi, episcopo Labacensi dedicatus, Lubiana, Mayr, 1681.
MORELLI, Istoria, III, 301; SOMEDA DE MARCO P., Medici, 114; FORMENTINI, Contea di Gorizia, 36-37.