Discendente da una ricca famiglia nobile, che risiedeva nel palazzo udinese di borgo S. Cristoforo (l’edificio è affacciato su quella che poi è diventata appunto riva Bartolini), B., nato nel 1755, fu il più giovane dei figli di Ettore e Francesca Manin. Al pari dei fratelli «si distinse per acutezza d’ingegno ed isquisitezza di gusto nella letteratura e nell’arti belle» (Marzuttini), tuttavia, al contrario di Gregorio e Giovanni Antonio, inclini ad interessi di tipo artistico e culturale (collezionista di reperti archeologici e numismatica il primo, erudito e appassionato bibliofilo il secondo), Giovanni Battista si interessò più specificatamente al settore scientifico, in particolare alla botanica e alla veterinaria. Sull’esempio del padre, esperto agronomo che aveva seguito personalmente le sue tenute, si dedicò all’amministrazione dei fondi agricoli di famiglia che si trovavano a Buttrio. Qui era sorta la residenza di villa che aveva assunto nel tardo Settecento un aspetto neoclassico, ribadito nella decorazione interna, sia pur con echi tiepoleschi, ad opera di artefici quali Francesco Chiarottini e Giovanni Battista Canal. B., cresciuto a contatto con vari esponenti della cultura letteraria e storica udinese, coltivò pure gli studi giuridici, ma non poté approfondirli, forse a causa della salute cagionevole. Ritenuto dai concittadini udinesi esperto di architettura, venne eletto membro della prima Commissione d’ornato di Udine, istituita dal Regno italico. Nello svolgimento di tale incarico si impegnò, seguendo l’esempio padovano del Prato della Valle voluto da Andrea Memmo, alla riqualificazione del Giardin grande in un’ampia e monumentale area, scenograficamente ornata di statue: nel 1815 propose l’acquisto di quindici figure colossali di soggetto mitologico più altre raffiguranti antichi filosofi, con l’aggiunta della statua raffigurante l’Allegoria della Pace – ispirata al trattato cosiddetto di Campoformido – realizzata dal piemontese G. B. Comolli, opera che in seguito venne collocata in piazza Contarena. Fu promotore con il fratello Antonio di alcuni significativi progetti edilizi, come la ricostruzione del Teatro Sociale e l’edificazione del cimitero di S. Vito, progettato da Valentino Presani, entrambi a Udine. Il pittore udinese Odorico Politi realizzò un suo ritratto del genere “istoriato” (oggi conservato nei Civici musei di Udine), ove viene evidenziato tramite alcuni elementi distintivi (i fiori, una pagina d’erbario, testi di botanica, un cannocchiale, lo sfondo campestre) il ruolo sociale e gli interessi culturali dell’effigiato, riproposto con acuta analisi introspettiva. Nella Biblioteca civica udinese (situata in quello che è stato il palazzo della famiglia Bartolini) è conservato un altro ritratto del personaggio, probabilmente uno studio per un’opera di maggiori dimensioni. B., l’unico dei fratelli a prender moglie, aveva sposato Teresa Dragoni, figlia della colta nobildonna Lavinia Florio Dragoni, nota per il suo celebre salotto, frequentato da importanti intellettuali friulani e veneti, come M. Cesarotti e Q. Viviani. B. morì improvvisamente nel 1823, senza eredi. La vedova continuò a risiedere, con il cognato Gregorio, nel palazzo che, alla loro scomparsa, fu donato alla città di Udine.