Parte della produzione poetica di A. è inedita, dispersa in varie raccolte manoscritte, tra cui BCU, Principale, 43 (f. 3-3v, 22v-23), 102 (p. 30, 94a-94d, 432), 248 (f. 10v), 287 (f. 146-147, epigramma autografo); il diploma di laurea è nel ms BNMV, lat., X 406 (= 11875).
Trium fratrum Amaltheorum Hieronimi, Io(annis) Baptistae, Cornelii Carmina. Accessere Hieronymi Aleandri iunioris Amaltheorum cognati poematia, Venezia, Muschio, 1627; Versi editi ed inediti di Girolamo, Giambattista, Cornelio fratelli Amaltei tradotti da varii, Venezia, Alvisopoli, 1817.
A. RICCOBONI, De Gymnasio Patavino, Patavii, apud F. Bolzetam, 1598, c. 24v e 25v; Lettera di N. N. al signor Raimondo Cecchetti intorno a Giovambatista e Girolamo fratelli Amaltei, Venezia, Zane, 1729 (Raccolta d’opuscoli scientifici e filologici, a cura di A. CALOGERÀ, 2), 227-271: 240-271 (vi è fra l’altro pubblicata una lettera di Annibal Caro ad A.); I. FACCIOLATI, Fasti Gymnasii Patavini, II, Patavii, Typis Seminarii apud I. Manfra, 1757, 314 e 376; LIRUTI, Notizie delle vite, I, 27-38; Lettera inedita di Girolamo Fracastoro a Girolamo Amalteo, Belluno, Deliberali, 1841; S. DE RENZI, Storia della medicina in Italia, III, Napoli, Del Filiatre-Sebezio, 1845, 724-725; A. SORBELLI, Inventari dei manoscritti delle biblioteche d’Italia, XLVI, Udine, Firenze, Olschki, 1930, 122-123, 184, 186, 194; ID., Inventari dei manoscritti delle biblioteche d’Italia, XLIX, Udine, Firenze, Olschki, 1931, 51, 111; Acta graduum academicorum Gymnasii Patavini ab anno 1526 ad annum 1537, a cura di E. MARTELLOZZO FORIN, Padova, Antenore, 1970, 291-293, ni 1951, 1952, 1955; G. PIZZI, Storia degli Amaltei, Oderzo, Becco Giallo, 1990 (Passato e Presente. Le storie, 2), 38-48; Gentilhomeni, 386-87; D. BARTOLINI, Diplomi di laurea degli Amalteo nella Biblioteca Nazionale Marciana di Venezia (1533-1569), «Quaderni per la storia dell’Università di Padova», 39 (2006), 221-230; M. VENIER, Poesia latina degli Amalteo, «Aevum», 80/3 (2006), 687-716: 697-98; 701-706.